10. The rhino in the room
Summary
サイのゲノム論文を紹介しました。
Starring
イシ、エビ
Show notes
- リトリート: 合宿みたいな感じで遠くに行って発表・議論する内輪のイベント。
- Pandoc
- Marp
- 「RecA の論文」: エビが同日に紹介した論文。近日公開予定。
- タイル型ウィンドウマネージャ
- スタック型ウィンドウマネージャ
- i3wm: イシが使い始めたもの。
- Liu et al., 2021, Cell: 今回紹介した論文。
- Cellの表紙のサイ
- サイ論文のプレビュー
- isthmus: 地峡
- Isthmo-Colombian area
- 「家系図のようなもの」: イシが家系図と言うのを避けているのはgenealogical ancestry(家系図上の祖先)とgenetic ancestry(遺伝子の祖先)の違いがあるからだったりする。
- Rafiqi et al., 2020, Nature: イシが2020年収録を始める前に紹介したイチオシ論文。
- Center for Evolutionary Hologenomics, GLOBE Institute
- Tom Gilbert
- Shanlin Liu
- Guojie Zhang
- クロサイ: Genome Arkにゲノムアセンブリが公開されている。
- シロサイ
- ジャワサイ
- スマトラサイ
- インドサイ(greater one-horned rhinoceros)
- ケブカサイ(woolly rhinoceros, 絶滅)
- Merck’s rhinoceros (絶滅)
- エラスモテリウム(Siberian unicorn, 絶滅)
- ABBA-BABA test:日本語の解説がない…元論文はDurand et al., 2011, Mol. Biol. Evol.。
- 不完全遺伝子系統仕分け(incomplete lineage sorting)
- 遺伝子流動(gene flow)
- Runs of homozygosity
- ゲノムサイズ: ヒトが3 Gbなのでサイが1 Gbは過小評価ですね…イシが使っている種は1.2 Gbくらいなので…
- Demography: いわゆる人口統計というより、集団サイズの過去の変化を推定すること。
- Li & Durbin, 2011, Nature: PSMC (pairwise sequential Markovian coalescent)の論文。
- 同義置換 (silent/synonymous substitution)
- 非同義置換 (non-synonymous substitution): Missense mutation (アミノ酸を変える1塩基置換) nonsense mutationと(終始コドンに変える1塩基置換)
- York et al., 2018, PNAS: ゲノム上のローカルな系統樹の形の割合をtopology weighting (Martin & Van Belleghem, 2017, Genetics)を使ってみている例。
Editorial notes
- 実は足首捻挫した翌日で結構痛かった(イシ)
- 音声で理解するのが過去一番難しいエピソードだったと思う(エビ)
- 収録日: 2021.10.02
- 編集: イシ