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12. Recombinatorial entanglement

Summary

大腸菌において DNA の相同組換えを生細胞イメージングした論文を紹介しました。

Starring

エビ、イシ

Show notes

• Wiktor, Gynnå, et al. Nature (2021): 今回紹介した論文。オープンアクセス。
• Johan Elf ラボの HP: HP の表記が独特。関連する内容として Episode 11 参照。
• 4:45あたりのBiophysical: 正しくはイシが言ったように Biophysics です。なぜかエビは繰り替えし言い間違えていた。
• 転写減衰
• 大腸菌にもセントロメアが見つかった: 総研大の仁木先生による記事。
• Marklund et al. Nature (2020): LacI が LacO 配列を検索するメカニズムを探究した論文。Elf ラボの HP から PDF にアクセス可能。
• Jones, Leroy, Unoson, et al. Science (2017): 大腸菌を用いて dCas9 (切断活性が失われた Cas9 の変異タンパク質) が標的の配列を検索するメカニズムを探究した論文。こちらも Elf ラボの HP から PDF にアクセス可能。
• Jalal and Le, Open Biology (2020): バクテリアの染色体分配と ParABS システムに関する総説論文。オープンアクセス。
• DNA の相同組換え: DNA の二重鎖切断 (Double strand break; DSB) を修復する仕組み。日本語での模式図はこちらのプレスリリースの図1がわかりやすい。紫外線などのストレスによって DSB が導入されると、5’ 末端がヌクレアーゼによって消化されて 3’ 末端が突出する。その後、RecA/Rad51 タンパク質から構成される「タンパク質鎖」が、突出した 3’ 末端の 1 本鎖 DNA にらせん状に巻きつく。この DNA-RecA/Rad51 の複合体が相同な DNA 配列を検索する。この検索プロセスは正確に DSB を修復するのに必要である。
• ALFA エピトープタグ: 小さい α-ヘリックス構造をとるタグ。元論文は Götzke et al. Nature Communications (2019)。アミノ酸配列 SRLEEELRRRLTE。
• ナノボディ
• STED: 誘導放出抑制顕微鏡法。2014 年のノーベル化学賞 (解説記事)。

Editorial notes

• 今回のパワーワード: 切られてない方のDNAの気持ち (イシ)
• 観察系が面白い論文でした (エビ)
• 収録日: 2021.10.02
• 編集: エビ