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15. The aster the better

Summary

マウス初期胚の 8-16 細胞期に特異的な紡錘体構造を発見した論文と「データ視覚化の人類史」という本を紹介しました。

Starring

エビ、イシ

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• Wordle
• バクマン。
• DEATH NOTE
• ゼルダの伝説ブレスオブザワイルド
• Pomp et al. (2022): 今回紹介した論文。残念ながらオープンアクセスではない。
• 紡錘体: エピソード7 Self-organising spathetti monster を参照。
• Plachta Lab
• Plachta et al. (2011): マウス初期胚においてゲノム DNA に対する転写因子 Oct4 のアクセシビリティを測定し、細胞系譜を予測する論文。。今回紹介した論文のラストオーサーがポスドクの時の仕事。
• Photo-activated GFP: 光変換型の GFP。Patterson and Lippincott-Schwartz (2002) を参照。。同じような蛍光タンパク質に Kaede、Dendra2 や EosFP などがある。Addgene の blog に詳しくまとめられている。
• Zenker et al. (2017): 微小管論文
• Zenker et al. (2018): アクチン論文
• Lim et al. (2020): ケラチン論文
• 内部細胞塊
• PLK1: Serine/threonine-protein kinase 1
• CDK5RAP2: CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
• EB3: End binding protein 3
• アセチル化微小管: 正確にはアセチル化されたチューブリンを含む微小管。微小管のダイナミクスを制御する方法の一つとして、チューブリンの翻訳後修飾がある。アセチル化はその一つで、微小管ダイナミクスの安定化に寄与する。abcam の記事 を参照。
• Microtubule organising centre (MTOC): 微小管形成中心
• 1:04:30 あたり: siRNA 実験における「スクランブル」について少し誤った説明をしました。正しくは、標的遺伝子に特異的な siRNA 配列を基に、各ヌクレオチドの比率を変えずに配列だけをランダムに変更して、ゲノム上に存在しない配列にする操作です。
• カタニン: 「微小管不安定化因子」の項目を参照。
• 1:30:00 あたり: 筆者らの先行研究 Plachta et al. (2011) と同じ Logic が採用される。
• 前回のランダムな話: エピソード14 All men are created at random を参照。
• データ視覚化の人類史
• ナイチンゲールと統計
• 1:56:30 あたりの忌み嫌われる棒グラフの話: Weissgerber et al. (2015) を参照。
• Circular Manhattan plot: イシが嫌いなプロット方法。
• イシが紹介する論文: 同日にイシによって紹介された論文。近日公開予定。

Editorial notes

• 明瞭な図はいつも美しいが、美しい図がいつも明瞭とは限らない (エビ）
• マンガを買っても読めない問題 (イシ)
• 収録日: 2022.02.26
• 編集: エビ